Also, meine Meinung:
Wenn man 2 Würfe plant, ok, dann kann man den Vater schon drin lassen. Aber auf jeden Fall vor der Geburt der 2.Babies dann rausnehmen!
Denn das Weibchen ist sofort nach der Geburt wieder paarungsbereit; d.h. wenn sie gleich nach der Geburt des 1.Wurfes wieder aufnimmt, dann bekommt sie den 2. Wurf, wenn der 1. noch keine 4 Wochen alt ist.. Und das selbe dann nach dem 2.Wurf auch wieder...
Das ist sehr anstrengend für die Rennermama, aber so 2 Würfe liegt gerade noch so drin. Dann aber bitte fertig mit Vermehren.
Der 1. Wurf bekommt so weniger lang Muttermilch (sonst 4-5 Wochen, aber da sind ja die kleinen Geschwister schon da). Der 2. Wurf hat eine müdere Mutter, ist zT etwas kleiner (schadet aber nichts, wenn es nicht gerade auch noch ein sehr grosser Wurf ist).
Willst Du denn überhaupt 2 Würfe? Ein Wurf kann aus bis zu 8 Jungen und mehr bestehen (es können natürlich auch weniger sein, aber leider kannst Du das nirgendwo passend "bestellen"), das wird schnell viel.
Der Vater muss, wie gesagt, spätestens vor dem 2.Wurf raus, die kleinen Jungs auch, bevor sie gschlechtsreif werden.
Den Vater kannst Du dann mit einem seiner Söhne wieder vergesellschaften, sobald der alt genug ist (der Vater wird ihn aber nach der Trennung nicht mehr erkennen, also vorsichtig zusammenführen).
Die Mutter kann mit einer Tochter zusammen bleiben, aber was machst Du mit den andern Jungtieren? Hast Du schon Abnehmer?
Sonst würde ich den Vater unbedingt schon vor dem 1.Wurf rausnehmen. Das Weibchen schafft es schon, die Babies alleine grosszuziehen, und er wird die Zeit, bis ein Sohn alt genug für ihn ist, auch aushalten...
Füttere dem Weibchen mehr tierisches Eiweiss, wenn sie trächtig ist. So alle 1(-2) Tage einen Mehlwurm, das braucht sie dann schon. Auch noch während der Zeit, wo sie die Kleinen säugt.
So, das war jetzt die ausführliche Version meiner Meinung zu Deiner Frage 
Und mein Tipp: gut vorher überlegen, denn wenn die Kleinen erst unterwegs sind, ist es zu spät...
LG,
Zelda