Aufgrund ihres schnellen Stoffwechsels neigen Rennmäuse dazu, bei Störungen des Verdauungstraktes sehr schnell abzubauen. Deswegen ist es wichtig, schon bei der kleinsten Auffälligkeit einen Tierarzt zurate zu ziehen.

Unter Koprophagie versteht man die Aufnahme des eigenen Kotes, was ein normaler Prozess ist. Auch Rennmäuse betreiben Koprophagie. Bei ihnen scheint sie jedoch nur bei unausgewogener oder mangelhafter Ernährung aufzutreten. Bei ausgewogener und artgerechter Fütterung ist dieses Verhalten nicht oder äußerst selten zu beobachten.

Typisch für Nager besitzen die Schneidezähne einen offenen Wurzelkanal und wachsen kontinuierlich. Für die Abnutzung ist es notwendig, ein adäquates Futter und genügend Nagematerial anzubieten. Manchmal sind die gegenüberliegenden Schneidezähne nicht genau ausgerichtet, der Gegenzahn wächst durch den fehlenden Abrieb übermäßig, und es kommt zur Malocclusion mit Gewichtsverlust, Depression und Abmagerung. Auch der Verlust eines Zahnes, beispielsweise durch Gitternagen, kann die Ursache für eine Anomalie sein.

Behandlung: Falls notwendig können die Zähne regelmäßig gekürzt werden. Betroffene Tiere sollten aus der Zucht genommen werden, sofern die Anomalie nicht durch eine Verletzung oder ein Trauma aufgetreten ist. Ausreichend Nagematerial kann das Problem lindern.

Anmerkung: Bei entsprechender Ernährung sind die Tiere anfällig für periodontale Erkrankungen und die Entstehung von Karies. Periodontale Erkrankungen treten erstmals im Alter von etwa sechs Monaten auf. Sie treten jedoch erst mit zirka einem Jahr klinisch auf und können bei Tieren ab einem Alter von etwa zwei Jahren zu Zahnverlust führen. In diesen Fällen sollten neben Getreide etwa 50 Prozent eines pelletierten Futters angeboten werden.

Eine abrupte Futterumstellung oder die Aufnahme von schlechtem, altem Futter kann Durchfälle auslösen.
Symptome: Das betroffene Tier kauert in der Regel in einer Ecke und hat einen kotverschmierten After.

Behandlung: Bei futterbedingten Durchfällen sollte zuerst das verdächtige Futter entfernt werden. Behandlung durch den Tierarzt. Mögliche Mittel: Pfeilwurz-, Kaolin/Pektin-Präparate, Probiotika.

Fütterung: zum Beispiel Himbeer- und Brombeerblätter, gebranntes Toastbrot und Apfelschalen wirken stopfend (Pektin) und können gegeben werden. Gutes Heu sollte zuerst eingeführt werden, dann langsam das Trockenfutter. Flüssigkeitsaufnahme ist sehr wichtig und sollte eventuell durch Verabreichung oder subkutane Injektionen unterstützt werden.

Ist nur ein Tier betroffen, ist es eventuell angebracht, es vorerst nicht von den anderen Tieren zu trennen, damit es nicht zusätzlichem Stress ausgesetzt ist.
Tiere ohne Appetit können eventuell mit geschälten Sonnenblumenkernen zum Fressen animiert werden. Probiotika wirken ebenfalls appetitanregend. 

Bei jungen Rennmäusen ab dem zehnten Lebenstag bis zum Absetzalter kann sich durch Fütterungsfehler und/oder virale Infektionen sowie durch Stress eine Enteritis (wet tail) entwickeln. Es kommt zu einer Überwucherung der Darmflora mit Escherichia coli.

Behandlung: Wärme, Antibiotika, Probiotika, Kaolin/Pektin, Stressfaktoren sollten beseitigt und die Hygiene erhöht werden.

Anmerkung: Die Sterberate liegt bei zirka 70 Prozent.

Durch Salmonellen ausgelöste Durchfälle sind selten. Eine Ansteckung kann zum Beispiel durch kontaminiertes Futter erfolgen. Dauerausscheider oder Träger kommen bei Rennmäusen kaum vor. Die Erkrankung verläuft in der Regel selbst-limitierend mit spontaner Erholung. Manchmal kann sie eine Septikämie (Gesamtinfektion des Körpers) hervorrufen.

Es können drei Formen der Infektion unterschieden werden:

1. Dauerausscheidung bei chronisch-inapparenter Infektion
2. subakute Infektion mit Auffälligkeiten im Kotabsatz, wie unförmigen Kotballen oder gar schweren Durchfällen, struppigem Fell, Abmagerung. Bindehautentzündungen, Lungenentzündungen und Fehlgeburten sind ebenfalls möglich
3. plötzliche Todesfälle aufgrund akuter septikämischer Erkrankung

Besondere Vorsicht bei der Behandlung ist geboten, da es sich um eine Zoonose handelt. Eine Therapie der Salmonellose ist beim Tier wegen der Zoonosegefahr nicht zu empfehlen, kann jedoch mit Antibiotika und täglicher Flüssigkeitssubstitution per Injektion versucht werden.

Symptome: Flüssigkeitsverlust, struppiges Fell, aufgeblähter Bauch, bei Männchen eventuell geschwollene Hoden.

Diagnose: Kot- oder Blutprobe

Anmerkungen: Während adulte Tiere meist ohne Symptome erkranken, reagieren Jungtiere mit Symptomen wie Durchfall, Appetitlosigkeit und plötzlichem Tod. Die Sterblichkeitsrate kann über 90 Prozent betragen.

Symptome: Das Fehlen von oder nur eine geringe Menge Kotes. Schmerzsymptomatik im Abdomen kann offensichtlich sein. Der Bauch kann aufgebläht erscheinen.
Ähnliche Symptome treten auch bei der Bildung von Kotballen im Darm auf, gewöhnlich hervorgerufen durch die Aufnahme von ungeeigneter Einstreu und anderen ungeeigneten Materialien auf.

Behandlung: Angebot von Frischfutter ist hilfreich. Löwenzahnblätter haben eine abführende Wirkung. Eventuell kann die Gabe von Lebertran oder Paraffinöl nützlich sein.

Rennmäuse können von Zwergbandwurm und Katzenbandwurm befallen sein.

Symptome: Die Infektion kann unbemerkt verlaufen, bis die Rennmaus Anzeichen von Schwäche zeigt. Schließlich können die Parasiten eine Entzündung des Darms und Gewichtsverlust auslösen. Eventuell kommt es zu Durchfall und Flüssigkeitsverlust sowie zu Wachstums- und Fruchtbarkeitsstörungen.
Der Bandwurm ist eine Zoonose, das heißt, die Übertragung ist vom Tier auf den Menschen und umgekehrt möglich.

Diagnose: Kotprobe, gegebenenfalls umfassende Laboranalyse.

Behandlung: Vom Tierarzt verordnete, geeignete Medikamente. Gründliche Käfig- und Umfeldreinigung mit geeigneten Mitteln eventuell in Verbindung mit Hitze. Therapiewiederholung und erneute Kotprobe nach etwa sieben bis 14 Tagen ab Abschluss der Medikamentengabe je nach Befall möglicherweise erforderlich. Unterstützende, probiotische Darmkur sollte erwogen werden.

Anmerkungen: Rennmäuse können ebenfalls unbemerkt vom Madenwurm und von Mäuse/Ratten-Madenwürmern befallen sein.

Besonders häufig betroffen sind Weibchen. Die Erkrankung wird durch einen Vitamin B-Komplex-Mangel insbesondere in Verbindung mit einem Überschuss an gesättigten Fettsäuren hervorgerufen.

Symptome: Abmagerung, Schwäche, Ekzeme und Haarausfall, im weiteren Verlauf exsudative Dermatitis mit übermäßiger Verhornung der Haut. Der Tod tritt innerhalb weniger Wochen ein.

Therapie: Verabreichung von Vitamin B zum Beispiel in Form von Hefe.