Die Geschlechterbestimmung bei Kleintieren, vor allem in jungem Alter, ist nicht immer einfach und bedarf eines geschulten Auges. Nur zu oft wird auch das Geschlecht bei Rennmäusen falsch bestimmt.

Das wichtigste Unterscheidungsmerkmal zwischen männlichen und weiblichen Rennmäusen ist der Abstand zwischen dem Geschlechtsteil (sichtbar als „Zipfel“) und dem After. Während der Abstand bei Weibchen gering ist, ist bei männlichen Tieren ein bedeutend größerer zu erkennen. 

Im Jungtieralter, zwischen dem zehnten und zwölften Lebenstag, lassen sich außerdem bei weiblichen Rennmäusen die Zitzen gut erkennen. 

Mit der Geschlechtsreife bei Männchen (im Alter von zirka zwölf Wochen) sind außerdem die Hoden gut erkennbar. Männchen haben dann ein deutlich spitzeres und länglicheres Hinterteil als Weibchen.